Hello Nextflowcourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Hello Nextflow to praktyczne wprowadzenie do budowania powtarzalnych i skalowalnych workflow'ów analizy danych.
Pracując z praktycznymi przykładami i prowadzonymi ćwiczeniami, poznasz podstawy tworzenia pipeline'ów w Nextflow, w tym jak definiować procesy, łączyć je w pipeline'y, zarządzać plikami i zależnościami oprogramowania, bez wysiłku paralelizować wykonywanie zadań i uruchamiać workflow'y w różnych środowiskach obliczeniowych.
Wyniesiesz umiejętności i pewność siebie, aby zacząć tworzyć i uruchamiać własne workflow'y w Nextflow.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Launch and manage execution of Nextflow workflows
- Find and interpret outputs (results) and log files generated by Nextflow
- Troubleshoot basic issues
- Build a simple multi-step workflow from core Nextflow components
- Distinguish between essential types of channel factories and operators and utilize them effectively in a simple workflow
- Configure pipeline execution to run on common computing platforms including HPC and cloud
- Apply best practices for reproducibility, portability and code re-use that make pipelines FAIR, including code modularity and software containers
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Audience: This course is designed for learners who are completely new to Nextflow and want to develop their own pipelines.
- Skills: Some familiarity with the command line, basic scripting concepts and common file formats is assumed.
- Domain: The exercises are all domain-agnostic, so no prior scientific knowledge is required.
Filmy szkoleniowe
Dla każdego rozdziału dostępne są filmy, w których instruktor przeprowadza ćwiczenia. Film do każdej części kursu jest osadzony na górze odpowiedniej strony.
Przegląd kursu¶
Ten kurs jest zaprojektowany jako praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cel, strukturyzowanymi tak, aby wprowadzać informacje stopniowo.
Stworzysz prosty pipeline Nextflow, który przyjmuje tekstowe dane wejściowe, wykonuje kilka kroków transformacji i generuje pojedynczy plik tekstowy zawierający obraz ASCII postaci wypowiadającej przekształcony tekst.
Plan lekcji¶
Aby uniknąć przytłoczenia Cię koncepcjami i kodem, podzieliliśmy to na sześć części, z których każda skupia się na konkretnych aspektach tworzenia pipeline'ów w Nextflow.
| Rozdział kursu | Podsumowanie | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Hello World | Podstawowe komponenty i zasady składania i uruchamiania workflow'u Nextflow | 30 min |
| Część 2: Hello Channels | Używanie kanałów i operatorów do przetwarzania wejść i bezwysiłkowej paralelizacji wykonywania | 45 min |
| Część 3: Hello Workflow | Używanie kanałów do łączenia wielu kroków i obsługi transferu danych między krokami | 60 min |
| Część 4: Hello Modules | Stosowanie zasad modularności kodu w celu zwiększenia możliwości ponownego użycia i zmniejszenia obciążenia konserwacyjne | 20 min |
| Część 5: Hello Containers | Używanie kontenerów jako mechanizmu zarządzania zależnościami oprogramowania i zwiększenia powtarzalności | 60 min |
| Część 6: Hello Config | Dostosowywanie zachowania pipeline'u i optymalizacja użycia w różnych środowiskach obliczeniowych | 60 min |
Pod koniec tego kursu będziesz dobrze przygotowany do podjęcia kolejnych kroków w Swojej drodze do tworzenia powtarzalnych workflow'ów dla Twoich potrzeb obliczeniowych w nauce.
Gotowy do rozpoczęcia kursu?
%%%