Hello Nextflowcourse¶
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Kursübersicht
KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen
Hello Nextflow ist eine praxisorientierte Einführung in den Aufbau reproduzierbarer und skalierbarer Datenanalyse-Workflows.
In praktischen Beispielen und angeleiteten Übungen lernst du die Grundlagen der Pipeline-Entwicklung mit Nextflow: Prozesse definieren, sie zu Pipelines verbinden, Dateien und Software-Abhängigkeiten verwalten, Ausführung mühelos parallelisieren und Workflows in verschiedenen Rechenumgebungen ausführen.
Du erhältst die Fähigkeiten und das Selbstvertrauen, um mit der Entwicklung und Ausführung eigener Workflows mit Nextflow zu beginnen.
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Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Launch and manage execution of Nextflow workflows
- Find and interpret outputs (results) and log files generated by Nextflow
- Troubleshoot basic issues
- Build a simple multi-step workflow from core Nextflow components
- Distinguish between essential types of channel factories and operators and utilize them effectively in a simple workflow
- Configure pipeline execution to run on common computing platforms including HPC and cloud
- Apply best practices for reproducibility, portability and code re-use that make pipelines FAIR, including code modularity and software containers
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Audience: This course is designed for learners who are completely new to Nextflow and want to develop their own pipelines.
- Skills: Some familiarity with the command line, basic scripting concepts and common file formats is assumed.
- Domain: The exercises are all domain-agnostic, so no prior scientific knowledge is required.
Kursvideos
Für jedes Kapitel sind Videos verfügbar, in denen eine Dozentin die Übungen durcharbeitet. Das Video für jeden Teil des Kurses ist oben auf der entsprechenden Seite eingebettet.
Kursübersicht¶
Dieser Kurs ist praxisorientiert konzipiert, mit zielgerichteten Übungen, die Informationen schrittweise einführen.
Du wirst eine einfache Nextflow-Pipeline entwickeln, die einige Texteingaben nimmt, einige Transformationsschritte ausführt und eine einzelne Textdatei mit einem ASCII-Bild einer Figur ausgibt, die den transformierten Text sagt.
Lektionsplan¶
Um dich nicht mit Konzepten und Code zu überfordern, haben wir dies in sechs Teile aufgeteilt, die sich jeweils auf bestimmte Aspekte der Pipeline-Entwicklung mit Nextflow konzentrieren.
| Kurskapitel | Zusammenfassung | Geschätzte Dauer |
|---|---|---|
| Teil 1: Hello World | Grundlegende Komponenten und Prinzipien beim Zusammenstellen und Ausführen eines Nextflow-Workflows | 30 Min. |
| Teil 2: Hello Channels | Verwendung von Kanälen und Operatoren zur Verarbeitung von Eingaben und müheloser Parallelisierung | 45 Min. |
| Teil 3: Hello Workflow | Verwendung von Kanälen zum Verketten mehrerer Schritte und Handhabung des Datentransfers zwischen Schritten | 60 Min. |
| Teil 4: Hello Modules | Anwendung von Code-Modularitätsprinzipien zur Erhöhung der Wiederverwendbarkeit und Verringerung des Wartungsaufwands | 20 Min. |
| Teil 5: Hello Containers | Verwendung von Containern zur Verwaltung von Software-Abhängigkeiten und Erhöhung der Reproduzierbarkeit | 60 Min. |
| Teil 6: Hello Config | Anpassung des Pipeline-Verhaltens und Optimierung der Nutzung in verschiedenen Rechenumgebungen | 60 Min. |
Nach Abschluss dieses Kurses bist du gut vorbereitet, um die nächsten Schritte auf deinem Weg zur Entwicklung reproduzierbarer Workflows für deine Projekte zu gehen.
Bereit, den Kurs zu starten?
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